Научно-производственное предприятие "Исток-Система" было создано в январе 1993 г. в рамках конверсии оборонных предприятий на базе подразделений микропроцессорной техники, программирования, спецэлектроники и медицинской электроники Государственного научно-производственного предприятия "Исток" - головного предприятия Министерства электронной промышленности РФ по СВЧ приборам.